本人清华大学在读生物信息学,免疫学方向博士研究生。在生物信息学领域拥有深厚的理论基础和实践经验,基础编程和数据分析方面,能够熟练使用Pandas、NumPy、SciPy进行数据处理和数学计算,以及使用Matplotlib和Seaborn进行数据可视化。在R中,精通ggplot2、dplyr、tidyverse等包,用于数据可视化和数据整理;在常规生信分析方面,熟练运用Bioconductor、SAMtools、BEDTools等工具处理和分析高通量测序数据。转录组学分析方面,我有丰富经验使用STAR、Hisat2进行读段比对,以及使用Cufflinks、DESeq2、edgeR进行表达量定量和差异表达分析。蛋白质组学分析中,我使用MaxQuant、Proteome Discoverer等软件进行质谱数据处理;在机器学习方向,熟练使用scikit-learn进行模型训练、调参和评估,TensorFlow和Keras实施深度学习模型,尤其在生物信息数据分析方面。我曾成功应用随机森林、支持向量机(SVM)、主成分分析(PCA)等方法于生物标记物发现、疾病预测和基因表达数据分类。
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个人介绍
项目经验
泛癌基因表达模式识别: 在此项目中,使用机器学习技术分析大规模转录组数据集,以识别与特定癌症类型相关的基因表达模式。通过应用随机森林和支持向量机(SVM)算法,成功地从数千个样本中鉴定出潜在的生物标记物,并对它们进行了验证。这一发现为临床诊断和个性化治疗提供了重要的分子基础。 微生物群落多样性分析:利用QIIME和MetaPhlAn工具,分析了不同环境样本中的微生物组成。通过主成分分析(PCA)和聚类分析,揭示微生物群落的结构和功能多样性,并探讨了环境因素对微生物分布的影响。 基因组关联研究(GWAS):使用PLINK和GCTA工具,对大量个体的基因型数据进行了处理和统计分析。应用机器学习技术,如逻辑回归分析,我们成功地鉴定了若干关键遗传标记与某些复杂疾病的关联。
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